A Pesquisa, atividade essencial da UFABC, enfrenta desafios que comprometem não apenas sua eficiência, mas inclusive sua plena realização, afetando a qualidade e a quantidade de conhecimento produzido pela UFABC e o bem-estar dos pesquisadores. A principal problemática reside na burocracia excessiva na liberação de recursos, compras de insumos e prestação de contas, resultando em uma significativa sobrecarga administrativa. Além disso, a gestão dos laboratórios multiusuários é fragmentada, carecendo de processos automatizados e de apoio técnico-administrativo especializado. Diversos conflitos surgem da omissão de gestores e da falta de transparência e políticas claras. Para enfrentar esses desafios, o eixo de Pesquisa se pauta em diretrizes claras:

​

1. Desburocratização e Agilidade: O foco é a liberação dos docentes e dos pesquisadores para suas atividades-fim. A solução central é o "Facilitador da Pesquisa" dedicado a gerenciar compras e prestação de contas. Ainda é prevista a revisão e simplificação do Regulamento de Pesquisa e a inclusão da lista de orientação de ICs no SIG de forma a facilitar a promoção funcional docente.

​

2. Infraestrutura e Gestão Profissionalizada: A gestão dos laboratórios será otimizada com a implementação do Módulo de Gestão de Laboratórios Multiusuários e a criação do Fundo de Apoio à Infraestrutura para garantir a manutenção de grandes equipamentos. Propõe-se, ainda, a Melhoria e Manutenção Preventiva dos Laboratórios e a revisão das resoluções que tratam da pesquisa de forma a dar transparência nas alocações e agilidade nos processos.

​

3. Fomento, Reconhecimento e Qualidade de Vida: O eixo busca fortalecer a Pesquisa com o Apoio Logístico e TA para Captação de Recursos, a Central de Análise de Dados e Estatísticas para suporte metodológico e o incentivo à Produção Interdisciplinar completam as ações de valorização e melhoria da qualidade de vida no ambiente de pesquisa.

​

4. Modernização e Transparência: A modernização da gestão e a coerência institucional serão alcançadas pela criação do Banco de Dados de Oportunidades, pela Política de Open Science e pelo Alinhamento entre Pesquisa-Inovação.

​

5. Biblioteca: atendendo ensino, pesquisa e extensão, a Biblioteca é um órgão fundamental da Universidade que atende à pesquisa e ao ensino, além de guardiã dos arquivos recebidos pela universidade. Precisa de simplificação dos processos e aumento de corpo técnico para aquisições ágeis, incluindo acervo digital e implementação dos repositórios de dissertações e teses e bases de dados e periódicos. O Programa de Apoio à Publicação (com a criação do Núcleo de Editoração Científica) será criado para auxiliar na formatação de trabalhos finais de curso e para auxiliar a Editora nas publicações de livros.